故事发生在江湖时代，孤儿阿飞（刘德华饰）是一个传奇人物，传说他自小由鱼群抚养长大，因此身手不凡。然而，阿飞对功名并不感兴趣，他过着逍遥自在的生活，与世无争。在一次偶然的机会中，阿飞结识了前朝遗民燕十三（钟镇涛饰），两人一见如故，成为了好友。燕十三是一个落魄的贵族，他曾经拥有着一切，但因为战乱而失去了家人和财富。他心有不甘，一直想要寻找机会复仇。阿飞被燕十三的遭遇所感动，决定帮助他完成心愿。在寻找复仇的过程中，阿飞和燕十三遇到了很多困难和危险。他们不仅要面对敌人的追杀，还要应对各种江湖恩怨。在这个过程中，阿飞和燕十三的感情逐渐加深，他们成为了生死之交。在一次偶然的机会中，阿飞和燕十三发现了一个秘密，这个秘密与一个传说中的战神有关。传说这个战神能够赋予人们无敌的力量，但同时也能够夺走他们的生命。阿飞和燕十三决定一探究竟，却意外地陷入了一个更大的危险之中。在最终的决战中，阿飞和燕十三终于找到了传说中的战神。然而，他们却发现这个战神其实是一个善良的存在，他一直在保护着人类免受邪恶力量的侵害。在战神的帮助下，阿飞和燕十三最终击败了敌人，完成了自己的使命。在这个过程中，阿飞和燕十三也找到了自己的归宿。他们意识到，生命中最重要的是珍惜当下，珍惜身边的人和事。虽然江湖恩怨和复仇之心曾经让他们失去了方向和目标，但最终他们找到了自己的信仰和追求。他们决定放下过去的仇恨和恩怨，重新开始新的生活。影片的结尾处，阿飞和燕十三一起回到了渔村，开始了新的生活。他们用自己的力量和智慧帮助村民们改善生活条件，让人们过上更加幸福的生活。在这个过程中，他们也收获了自己的爱情和友情。梅艳芳饰演的月牙儿与阿飞相识于一次打斗中，两人在经历了一系列的生死考验后终于走到了一起。而张曼玉则饰演了一位善良而勇敢的女子小鱼儿，她与燕十三之间也发生了一段感人至深的爱情故事。