道士陆十一接管了深夜书店。然而，他发现管理这家书店并不容易，现代人更热衷于电子读物，而非传统的纸质书籍。他的生意日渐冷清，经营变得困难重重。一天，陆十一遇到了一个名叫刘铭的流氓和他的团伙。他们经常在书店里捣乱，甚至威胁陆十一。陆十一与他们产生了纠葛，但他始终坚守书店，守护着那些珍贵的书籍。在一次整理书籍的过程中，陆十一不慎放出了倩女幽魂书中的书灵。这个书灵吸取人的精华，危害人间。陆十一意识到自己的错误，决定与刘铭一起寻找解决办法。刘铭虽然是个流氓，但他对姐姐十分疼爱。他利用打游戏的机会，将自己的姐姐美貌作为网恋照片吸引了一个名叫李晨的年轻人。李晨对刘铭的姐姐一见钟情，两人开始了一段浪漫的恋情。陆十一和刘铭在寻找解决办法的过程中，逐渐建立了信任和理解。他们一起对抗书灵，保护书店和周围的人们。在这个过程中，他们也发现了彼此的优点和缺点，成为了真正的朋友。最终，陆十一找到了解决办法，他用自己的道术封印了书灵，拯救了书店和周围的人们。刘铭也意识到了自己的错误，决定重新做人，不再做流氓。他和陆十一一起经营书店，共同守护着这个充满知识和智慧的地方。《深夜书店3之灵魂伴侣》讲述了一个关于友情、信任、成长和守护的故事。在这个故事中，我们看到了道士与流氓之间的友谊，看到了他们对知识和智慧的追求，也看到了他们对生活的热爱和执着。