乾隆年间，方世玉随其父方德押送丝绸前往杭州参加集会。在繁华的杭州城，恶霸雷老虎横行乡里，欺压百姓。在集会上，雷老虎看中了自崖城一路卖艺而来的秋氏父女，欲强抢秋氏之女秋茗。秋父不从，雷老虎残忍地打死了他。路见不平的方世玉见状，愤怒出手，将雷老虎反致死地。这一举动引起了雷老虎的同伙的愤怒，他们决定对方世玉一家展开报复。方世玉与父亲方德不得不连夜逃离杭州，但恶霸们紧追不舍。在逃亡的过程中，方世玉结识了一位武林高手，两人携手对抗追兵。然而，恶霸们人数众多，双方陷入了一场激烈的战斗。在这场战斗中，方世玉展现出了他的武艺和智慧，屡次化险为夷。同时，方世玉也发现了一个关于雷老虎的秘密——他原来是朝廷的一名叛徒，勾结外敌，危害国家。为了揭露这个秘密，方世玉决定深入虎穴，与恶霸们展开一场生死较量。经过一场惊心动魄的决战，方世玉终于打败了雷老虎及其同伙，揭露了他们的罪行。朝廷得知真相后，将雷老虎等人绳之以法。方世玉也因为他的英勇行为得到了朝廷的嘉奖。然而，在这场战斗中，方世玉的父亲方德不幸牺牲。为了纪念父亲，方世玉决定继承父亲的遗志，继续为国家和百姓做出贡献。《新方世玉之决战危城》通过讲述方世玉的故事，展现了英勇、正义、智慧和勇气等品质。同时，电影也展现了武林高手之间的恩怨情仇和国家荣辱的重要性。