柯南、灰原以及少年侦探队的步美、光彦和元太，在博士的带领下露营完毕，他们一同参观了西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼。这座大楼是毛利小五郎的学妹常盘美绪所拥有，她邀请了小五郎、小兰和园子参加大楼的开幕典礼。在开幕典礼上，美绪向大家介绍了这座双塔大楼的设计理念和独特之处。然而，在众人沉浸于大楼的壮丽之时，一阵剧烈的晃动突然袭来，美绪从高楼坠下，身受重伤。柯南立刻意识到这并非简单的意外，而是一起精心策划的谋杀案。柯南开始调查这起案件，他发现这座双塔大楼的设计与一般大楼有所不同，它的电梯是两座塔楼之间的唯一连接。此外，他注意到美绪坠楼时所穿的高跟鞋鞋跟断裂，这暗示着谋杀案可能与她的鞋子有关。随着调查的深入，柯南发现美绪与大楼承包商之间存在复杂的利益关系。承包商曾因经济犯罪被美绪举报而入狱，出狱后他一直怀恨在心，意图报复。他利用高跟鞋作为暗藏杀机的机关，设计杀害了美绪。在一场惊心动魄的追逐中，柯南成功揭露了真相，将罪犯绳之以法，为美绪讨回了公道。而毛利小五郎也从这个事件中汲取了教训，明白了友谊、亲情和正义的重要性。《名侦探柯南：通向天国的倒计时国语》以其紧凑的剧情和惊险的场面再次证明了柯南的聪明才智和勇气。而这场围绕着摩天大楼的悬疑案件，也引发了观众对于正义和人性的深思。