在某个夏天的故事里，六年级的小学生裕太（武井证 配音）独自踏上了前往位于深山之中的萤之丘水库的旅程。一年前，他的父亲曾和他一起来到这里，捕捉独角仙，留下了许多美好的回忆。然而，父亲在一年前意外去世，使得这个曾经充满欢乐的地方对裕太来说充满了悲伤。在这个夏天，裕太再次来到水库，希望通过回忆那些美好的时光，找到面对父亲离世的方式。然而，他遭遇了罕见的暴雨，山洪暴发，使得他无法离开这个地方。在困守的日子里，裕太开始回忆起和父亲在这里度过的美好时光。他回忆起父亲教他如何捕捉独角仙，如何在夜晚点亮萤火虫的光芒。这些回忆让他感到温暖，也让他开始理解父亲的存在和爱是无处不在的，即使父亲已经离开这个世界。在困守的日子里，裕太还遇到了其他三个小朋友：小优（木村彩由実 配音）、小翔（新田海统 配音）和小米（樱井孝宏 配音）。他们都是因为各种原因无法回家，被迫留在这个被洪水围困的地方。五个小朋友一起度过了这个困守的夏天。他们一起寻找食物，一起寻找回家的路，一起分享彼此的故事。在这个过程中，他们学会了互相理解和帮助，也找到了面对困境的勇气。最终，洪水退去，他们找到了回家的路。然而，这个经历让他们明白，即使生活中有困难和挫折，只要有爱和勇气，就能找到前进的力量。《虹色萤火虫，永远的暑假》通过一个夏天的故事，展现了孩子们在困境中的坚韧和勇气，也展现了家庭、友情和爱的力量。