《机动战舰剧场版：暗黑王子》是一部1998年上映的日本科幻动画电影，由佐藤龙雄担任编剧和导演，上田祐司、桑岛法子、南央美、日高法子等人为主要声优。该片是电视动画《机动战舰》的续作，讲述了在木连战争结束后三年，地球和火星之间再次爆发了一场新的冲突，而曾经的《机动战舰》成员们也卷入了这场战争的漩涡的故事。影片的开头是一句富有哲理的话：“世间人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，紧接着的……是离别。”这句话预示了影片中主要人物的命运，也表达了影片的主题——人生的无常和悲剧。影片的第一幕是八号殖民地“白雪公主”遭到了一群神秘的机器人的袭击，殖民地的防御力量被迅速瓦解，而殖民地内部也出现了一些身穿斗笠的僧侣样的人，他们追杀了一些研究员，并留下了一句话：“你来迟了一步，复仇者，你还未够道行啊。”这些人就是自称火星后继者的组织，他们的目的是利用火星遗迹的力量，控制玻色子跳跃的通道，从而对抗地球统合军的统治。影片的主角之一，星野琉璃，是联合宇宙军史上最年轻的少校，也是战舰“Nadesico B”的艦长。她接到了调查“白雪公主”事件的任务，前往殖民星“天照”，那里是玻色子跳跃的通道的中枢——“葫芦计划”的所在地。在那里，她遭到了当地指挥官的故意怠慢，但她利用自己的超级电脑“思兼”侵入了“天照”的电脑系统，发现了许多秘密，包括大量的非正式的玻色子跳跃的人体实验记录，以及一些她熟悉的名字——天河明人和御统百合香。影片的另一位主角，天河明人，是琉璃的青梅竹马，也是《机动战舰》的前任艦长。他和百合香在木连战争结束后不久结婚，但在新婚旅行中被火星后继者绑架，成为了他们的实验品，被强行植入了玻色子跳跃的能力，但也失去了味觉等多种感官，甚至忘记了自己的身份。他后来逃脱了火星后继者的控制，一直在暗中和他们战斗，试图找回自己的记忆和爱人。他驾驶着一台黑色的机器人，被称为“黑暗王子”，也是影片的副标题。影片的高潮是在火星极冠，那里是火星后继者的基地，也是火星遗迹的所在地。火星后继者利用遗迹的力量，发动了对地球的总攻，而地球方面也派出了“Nadesico B”和其他战舰进行反击。在这场大战中，琉璃和明人终于相见，但他们的重逢却是在敌对的立场上。明人被火星后继者的首领，也是他的前任战友，尼路加，利用了他的感情，诱导他进入了遗迹的中心，那里有着被火星后继者利用的百合香。百合香被连接到了遗迹的黑匣子上，充当了玻色子跳跃的指引者，但她的意识却被封锁了。明人试图救出百合香，但却被尼路加阻止，两人展开了一场激烈的对决。与此同时，琉璃也冲入了遗迹，试图阻止火星后继者的计划，但她却发现了一个惊人的事实——遗迹的真正主人，是一种叫做“玻色子生命”的存在，它们是由玻色子构成的智慧生命，它们可以自由地跳跃时空，也可以影响其他生命的意识。它们曾经试图和人类沟通，但却被人类误解和攻击，所以它们选择了沉默。火星后继者的计划，就是利用百合香和遗迹的连接，强行打开玻色子生命的世界，从而获得无限的力量。影片的结局是悲剧的，明人在和尼路加的战斗中牺牲了，百合香也在遗迹的崩溃中消失了，只留下了一枚戒指。琉璃也在玻色子生命的干扰下，失去了和“Nadesico B”的联系，被困在了遗迹中。她在那里看到了明人和百合香的幻影，他们告诉她，他们已经和玻色子生命融合在一起，成为了一种新的存在，他们可以自由地穿越时空，也可以看到所有的可能性。他们邀请琉璃加入他们，但琉璃拒绝了，她说她还有自己的生活，还有自己的朋友。她说她会记住他们，也会为他们祈祷。她说她会继续活下去，直到有一天，她也能成为像他们一样的存在。她说她会永远爱他们。然后，她用自己的力量，打开了一个玻色子跳跃的通道，回到了“Nadesico B”的身边。她的朋友们都欢迎她的归来，她也露出了一个微笑。影片以琉璃的旁白结束：“世间人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，紧接着的……是离别。但是，离别并不意味着永别，只要我们的心还在，我们就永远不会分开。”