在U.C.0097时期，一场被称为“拉普拉斯事变”的纷争终于落下了帷幕，将人们从长久的战乱中解救出来。随着这场事变的终结，两架强大的独角兽高达被秘密地封印了起来，它们的力量与威胁一同被束缚在黑暗之中。与此同时，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解，为这个世界带来了一丝难得的和平与安宁。然而，就在人类逐渐走出战争带来的阴影，开始期待着新生活的曙光之时，一个震撼的消息再次打破了这份宁静。失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，它的出现如同黑夜中闪烁的星光，重新燃起了人们对于力量的渴望和对于未知的恐惧。“凤凰”拥有的力量足以颠覆整个世界秩序。它的存在如同一把双刃剑，既能成为守护人类的强大力量，也可能成为毁灭一切的凶器。它的觉醒引发了各方的争夺和冲突，新吉翁的残余势力、其他国家的军方、甚至还有一些不为人知的秘密组织，都纷纷卷入了这场关于“凤凰”的争夺战。在这场纷争中，一群年轻的战士再次挺身而出。他们分别是榎木淳弥、村中知、松浦爱弓、梅原裕一郎和藤村步，他们各自背负着不同的过去和目的，但都在为了守护自己心中的信念而战斗。他们的冒险之旅充满了未知和危险，但他们始终坚定地前行，为了揭开“凤凰”背后的秘密，也为了维护这个世界的和平与正义。