《魔卡少女樱 透明牌篇 序章 小樱与两只小熊》是一部连接《魔卡少女樱》第二季和第三季的过渡作品，讲述了小樱和小狼在小学毕业后，即将开始初中生活的故事。电影的开头，小樱和小狼在东京铁塔的顶部，回顾了他们在小学时期的经历，以及他们收集了所有的魔卡和变身卡的过程。小樱向小狼表达了她对他的感情，小狼也回应了她，并送给她一只小熊玩偶。小樱很高兴，把小熊玩偶放在了自己的房间里，和另一只小熊玩偶一起。第二天，小樱和小狼一起去了初中，和大道寺知世、李小狼、诗之本秋穗等老朋友重逢，还认识了一些新同学，如观月歌帆、海渡尤那等。小樱感觉到了一股新的魔力，但不知道它的来源和意义。她回到家里，发现自己的魔卡和变身卡都变成了透明的，而且失去了力量。她很惊慌，向可鲁贝洛斯和月求助，但他们也不知道发生了什么。小樱决定自己去寻找答案，于是开始了新的冒险。电影的结尾，小樱在梦中遇到了一位神秘的女孩，她告诉小樱，她是小樱的未来，也是小樱的过去，她是小樱的一部分，也是小樱的全部。她说，小樱必须收集新的卡片，才能保护自己和重要的人。小樱醒来后，发现自己手中多了一张透明的卡片，上面写着“CLEAR”。她不明白这是什么意思，但感觉到了一种强烈的预感。她拿着卡片，向着新的一天出发。``