《魔法禁书目录剧场版恩底弥翁的奇迹》是一部2013年上映的动画片，由锦织博执导，吉野弘幸和镰池和马编剧，阿部敦、井口裕香、三泽纱千香、日笠阳子、佐仓绫音等主要配音。该片是《魔法禁书目录》系列动画的第一部电影作品，讲述了科学世界和魔法世界之间的冲突和奇迹的故事。故事发生在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”即将完工的前夕。上条当麻是一个拥有能够消除一切超能力和魔法的右手的少年，他和携带着“魔法禁书目录”的修女茵蒂克丝在街上偶遇了一位无能力者（Lv0）的少女鸣护艾丽莎。艾丽莎是一个热爱歌唱的独立歌手，她的歌声拥有“奇迹”的力量，能够给人们带来幸运和快乐。茵蒂克丝和艾丽莎因为都有着“旺盛的食欲”而成为了好朋友，三人一起享受着放学后的时光。然而，他们的平静很快被打破。一位来自英国清教必要之恶教会的魔法师史提尔·马格努斯突然出现，试图绑架艾丽莎。原来，艾丽莎是三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市的事件中的幸存者之一，她的存在是由另一位幸存者莎特奥拉·塞昆齐亚的“愿望”所创造的。莎特奥拉是学园都市的秩序维护部队“黑鸦部队”的队长，她在事故中失去了父亲和对音乐的感知，她许下了“愿失去最重要的东西来换取奇迹发生”的愿望，从而分离出了艾丽莎的实体。艾丽莎的歌声是一种强大的魔法，能够影响整个世界的平衡，而莎特奥拉则被一位不老不死的魔法师雷蒂丽·坦格洛德利用，成为了她实现自己邪恶计划的工具。雷蒂丽是星轨之门公司的社长，她曾经吃过魔法果实，从而获得了永生，但她却厌倦了这样的生活，想要寻找一种能够让自己死去的方法。她策划了“猎户号”事件，试图在太空中发动一种能够结束自己生命的魔法，但她失败了，只是引发了一场惨剧。之后，她收购了因为事件而濒临破产的星轨之门公司，建造了太空电梯“恩底弥翁”，并计划利用艾丽莎的演唱会的机会，再次发动魔法，希望以灭绝北半球的生命来达到自己的目的。上条当麻和茵蒂克丝决定保护艾丽莎，他们与史提尔和必要之恶教会的魔法师们展开了激烈的战斗，同时也与莎特奥拉和黑鸦部队发生了冲突。他们最终登上了“恩底弥翁”，试图阻止雷蒂丽的计划。在那里，他们发现了艾丽莎和莎特奥拉之间的真相，以及雷蒂丽的真实目的。他们能否阻止雷蒂丽的魔法，拯救艾丽莎和莎特奥拉，维护科学世界和魔法世界之间的平衡呢？在科学与魔法交汇之时，一场惊天动地的奇迹即将发生。