《囧探校花》讲述了绿翔侦探学院的学渣吴晓飞和好友组成了“差生联盟”，与“高富帅”学霸侦探宋文杰争夺校花安然的故事。吴晓飞是一个热爱侦探小说的梦想家，他一直暗恋着美丽聪明的安然，但是因为成绩差，又被宋文杰的嘲笑和挑衅，而无法表达自己的心意。安然是一个刚转学来的新生，她的表姐曲微是一名著名的女作家，但是在一次聚会后，曲微突然死亡，警方认定是自杀，但是安然不相信，她怀疑是有人谋杀了曲微，于是她决定自己调查真相。安然的调查引起了吴晓飞和宋文杰的注意，他们都想帮助安然，也想借此赢得安然的好感。他们发现曲微的死亡与她的最新小说《囧探校花》有关，这本小说揭露了一个制毒集团的内幕，而这个集团的老大就是宋文杰的父亲。宋文杰的父亲为了灭口曲微，还派人追杀安然和吴晓飞，他们陷入了危机之中。吴晓飞和宋文杰为了保护安然，不得不联手对抗制毒集团，他们用智慧和勇气破解了曲微留下的线索，找到了制毒基地，揭开了真相，也救出了被绑架的安然。安然感动于吴晓飞的真诚和勇敢，接受了他的爱情，而宋文杰也放弃了自己的父亲，选择了正义的一方。